合成ポケモンやドット絵では、基本的にPNG(ピング)という保存形式で保存するのが一般的です。
保存する際にはとにかくPNGを選択して保存するようにしましょう。
大きなイラストだとPNGではサイズが大きくなってしまいますが、合ポケやドット絵だとあまりサイズも大きくないので問題はないでしょう。
最近だと透過PNGなどと呼ばれる形式を使う人もいますが、
古いパソコンやブラウザだと見れなかったり、ペイントで開いた時に背景が黒くなってしまって見づらいので個人的にはお勧めしません。

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JPG、JPEG(ジェイペグ)は写真や大きなイラストを保存する際によく使われる形式ですが、合ポケやドット絵では画像が荒れるため、使ってはいけない形式です。
※場合によってはほとんど荒れずに保存出来なくもないですが、結局荒れることには変わりなく、ファイルサイズがとても大きくなります。

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GIF(ジフ)は、色数の少ないものをファイルサイズを小さく保存することに向いています。
つまり、合ポケやドット絵にかなり向いているといえます。
しかし、普通のペイントで保存するとすごく画像が荒れてしまいます。
GIFで保存したい場合は画像変換ソフトなどを使って保存することをオススメします。
ちなみにGIF形式は古い携帯でも見れたり、透過(背景を透かせる)こともできます。（PNGは見れない携帯が存在する）

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BMP(ビットマップ)は、PNGやソフトを使ったGIF保存のようにきれいに保存できます。
が、画像が大きければ大きいほどファイルサイズが大きくなってしまうため、BMPで保存するぐらいならPNG保存するべきです。
サイズの大きさからサーバーの容量を圧迫してしまうためか、掲示板などでアップロード出来ないように設定されている所もあります。

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合成ポケモンやドット絵に最適な保存形式は「PNG」。
きれいに「GIF」保存できるソフトがあるなら「GIF」の方が良い。
「JPG」で保存することだけは絶対にやめること。取り返しがつかなくなります。